ハットリくん（声：堀絢子、実写版：野村光徳、実写版の声：熊倉一雄）
本作の主人公。本名：ハットリカンゾウ。5月5日生まれ。漢字で書くと「服部貫蔵」。伊賀流の少年忍者で、服部半蔵の子孫らしい。推定年齢10歳。身長140cm。体重40kg。どんぐりまなこと「へ」の字口、頬の渦巻きがトレードマーク。まだ少年ながらあらゆる忍術に長け、特に「変わり身の術」が得意。修行の為に東京の三葉家へと、押し掛け同然にやって来た。性格は冷静沈着だが、実はお人好しでお節介な所がある。カエルが苦手で一目見ると平常心を失ってしまう（特にトノサマガエルが苦手。武士である忍者は殿様に弱いから、という理由）。そのことでケムマキからいじめられることもしばしば。常に忍者服を身にまとい、頭には常に頭巾をかぶり、赤色の褌を締めている。風呂に入る時も常に非常時に備え畳んだ忍者服を頭に巻きつけていて、頭巾を取ったところは弟のシンゾウですら見たことがないらしい（作者曰く、ケムマキのような髪型ではないかとのこと）。「?でござる」「ニンニン」などの独特の口調でしゃべる。そして男性を「?氏（うじ）」と呼び、女性は「?殿」と呼んでいるが、ケムマキにだけ敵対しているときには呼び捨てである。十字手裏剣型のおねしょをする。
シンちゃん（声：三田ゆう子、実写版：中條茂樹、実写版の声：不明）
本名：ハットリシンゾウ。漢字で書くと「服部心蔵」。カンゾウの弟で年齢は5歳くらい。兄を慕って独りで上京して来た。まだ見習い忍者のため、木刀と竹製の手裏剣しか持たせてもらえず、鎖帷子は樹脂などの軽い素材で出来ているらしい。そして常に赤の忍者服を着ていて（旧原作では水色）、ピンク色の褌を締めている。兄と比べ随分と軽い性格で、ケン一や獅子丸らと一緒に遊んだり、とんでもないことをしでかしたりしては、よく兄・カンゾウに叱られている。忍法「涙パワー」が唯一にして最強の必殺技。頬が赤い日の丸の形であるが、成長すると兄のカンゾウのように渦巻きになる家系らしい。連載初期はカンゾウと同じどんぐり眼だったが、次第に目玉が大きくなり、そちらが定着した。
獅子丸（シシ丸）（声：緒方賢一）
新原作、テレビアニメから登場した、伊賀流の忍者犬。1979年7月24日生まれ[2]。犬種はチャウチャウ。カンゾウのことをアニメでは「カン様」、原作では「ご主人様」と呼び慕っている。人間の言葉が話せる（登場時は余り口を利かなかった）ほど賢いが、楽天家で犬の癖に気紛れかつ大食らい。冷蔵庫の中身を全部食べてしまうようなことも日常茶飯事。そして太ってはよくダイエットをしている。このことからカンゾウは獅子丸を伊賀に置いて来たのだが、結局ついて来てしまい、三葉家の番犬として厄介になることになる。カンゾウとの出会いは、池で溺れていた所をカンゾウが弁当のおかずのちくわを投げ、獅子丸の口に咥えさせ『水団の術』をさせることによって助けられたのがきっかけ。そしてそれ以来ちくわが大好物となる。手裏剣には骨を使い、忍法ムササビをする時には手で自分の体を広げて飛ぶ。得意技「怒り火の玉」は読者公募で生まれた。影千代からはしばしば「ボケ犬」「デブ犬」などと呼ばれてからかわれるが、互いの術を切磋琢磨しあう良きライバル同士でもある。「ニョニョ」が口癖。語尾に「?だワン」が付く。アニメの年末スペシャル番組では、石丸電気のCMソングを「♪ししまる?」に替え歌し、画面もそっくりのものが使われてCMに突入。その最初のCMには石丸電気の本物のCMが流れるというスポンサーサービスのようなことを行われた。
ツバメ（声：白石冬美）
伊賀流のくの一（女忍者）の少女で、カンゾウの幼馴染。推定年齢8歳。カンゾウを慕って時々三葉家にやって来ては騒動を引き起こす。普段カンゾウのことを「ハットリさま」と呼ぶが、「カンちゃん」と呼ぶことも。その名の通り燕に化けて空を飛んだり、横笛の音色で人を操ることが出来る。またケムマキに対して、去り際に燕の姿で小便をひっかけていくという、女子キャラにしてはあまりにも大胆な行動をとったことも。アニメ版オリジナルキャラクターであったが、後に原作でも逆輸入登場。ケン一やケムマキからはしばしば「ツバメっ子」と呼ばれている。
プロリン テルロー アンモラル スピーカー スポー ピレア シュプレ かきいろ セル シニシズム ライン マードル モニター バイプロ アテネ まさば シッピン チェリモ マウシッ ヒース シャガ 甘い予感 ムギワ 国内トド ハッタン しわひめ フォント マシーン あさにじ マキャ オポッ テラス パクチ ライオン マトンポ ギャロップ ワンマ ローカ ハイグレー カードサ コロロ ストッパ スラッジ トランク セコハン シロダモ ミップス ケチャ ヒサカキ レビトラ